尽管我国的排灌业取得了巨大成就，但也面临着严峻的挑战。水资源短缺已成为制约中国社会经济可持续发展的主要因素。2002年，全国总用水量5497亿立方米，占全年水资源总量的19.5%，其中城市生活用水占5.8%，农村生活用水占5.4%，工业用水占20.8%，农田灌溉用水占61.4%，林、牧、渔业用水占6.65%。
尽管未来总供水量将增加，但随着工业和城市化的发展以及人们生活水平的提高，越来越多的水将用于满足工业和居民生活的需要，灌溉用水将更加紧张。灌溉用水每年短缺300多亿立方米，但农业用水浪费严重，全国灌溉用水利用率只有40%左右。
20世纪70年代，全国农田平均年受旱面积约为1100万公顷，80年代和90年代分别达到平均每年约2000万公顷和2700万公顷。此外，我国的水污染还没有得到有效控制。根据2002年水质评价结果，在调查评价的12.3万公里河流中，四级河流占12.2%，五级及五级以下河流占23.1%。
全国有近3300万公顷农田受到沉降、盐碱和内涝的影响。经过40多年的开沟、排水和综合治理，这些低产田大多得到了不同程度的改善。然而，随着农业发展对治理标准要求的提高，以及一些地区人类活动对自然环境的破坏，进一步治理的任务仍然很大。
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